Parte virtual 1 de la clase del curso "Competencia comunicativa en entornos no presenciales de aprendizaje 0621"
Bienvenidos a la parte virtual y segunda parte de la clase sobre revisión de artículos.
En la primera parte de la clase (https://youtu.be/hBCnXFOtQ2Q) pudimos ver la parte inicial del artículo donde conocemos a Galaxy que es un portal web que engloba una gran cantidad de herramientas bioinformáticas gratuitas.
Los programas bioinformáticos generalmente procesan cantidades muy grandes de información por lo que tardan mucho tiempo y requieren de grandes recursos, algo que puede cambia a medida que hacemos más “inteligentes” a este tipo de programas a través de incluir árboles de decisiones en su programación.
Una forma sencilla de ejemplificarlo es cuando un programa recibe varios trabajos que tomaran diferente tiempo y recursos, un programa sin un árbol de decisiones tomara los trabajos como vayan llegando lo que lo hace más largo y poco eficiente, mientras que en un programa con el árbol de decisiones puede ordenar su procesamiento con base en recursos, tiempo o prioridad y con eso eficientar el trabajo.
Computadora de 20 núcleos y 128 GB de RAM
Trabajo | Núcleos | Tiempo de espera |
A | 9 | 9 horas |
B | 3 | 3 horas |
C | 8 | 2 horas |
D | 4 | 7 horas |
E | 6 | 5 horas |
F | 5 | 4 horas |
Sin árbol de decisiones:
Núcleos | Tiempo | Tiempo utilizado |
A 9 B 3 =20 C 8 | 9 horas 3 horas 2 horas | 0 horas |
A 9 B 3 =16 D 4 | 9 horas (7 horas) 3 horas (1 hora) 7 horas | 2 horas |
A 9 E 6 =19 C 4 | 9 horas (6 horas) 5 horas 7 horas (6 horas) | 3 horas |
A 9 C 4 =13 F 5 | 1 hora 1 hora 4 horas | 8 horas |
12 horas |
Con árbol de decisiones:
Opción A
Núcleos | Tiempo | Tiempo utilizado |
A 9 B 3 =16 D 4 | 9 horas 3 horas 7 horas | 0 horas |
A 9 E 6 =19 D 4 | 9 horas (6 horas) 6 horas 7 horas (4 horas) | 3 horas |
A 9 E 6 =20 F 5 | 9 horas (2 horas) 6 horas (2 horas) 4 horas | 7 horas |
C 8 F 5 =13 | 2 horas 2 horas | 9 horas |
11 horas |
Opción B
Núcleos | Tiempo | Tiempo utilizado |
A 9 D 4 =19 E 6 | 9 horas 7 horas 5 horas | 0 horas |
A 9 D 4 =18 F 5 | 9 horas (4 horas) 7 horas (2 horas) 4 horas | 5 horas |
A 9 F 5 =17 B 3 | 9 horas (2 horas) 4 horas (2 horas) 3 horas | 7 horas |
B 3 C 8 =11 | 3 horas (1 hora) 2 horas
| 9 horas |
11 horas |
Los programas que se usan para análisis de resultados deben mejorar, pero estas mejoras van de la mano del conocimiento técnico por parte del usuario para que interpretación del resultado sea veraz. Es muy importante que se aseguren que los resultados son exactos y precisos.
Diferencia entre: Exactitud y Precisión
El video completo de la clase lo pueden ver en: Video clase completa
Actividad a realizar:
Responder el siguiente cuestionario sobre los artículos que vemos en clase.
Conclusión
La bioinformática y sus herramientas puede ser de gran ayuda para las investigaciones de meta datos sin embargo se requiere mejoras a nivel programación para eficientar y mejorar su uso, también requiere conocimientos técnicos de los usuarios que permitan una adecuada interpretación de los resultados.
Muchas gracias a todos y nos vemos la próxima clase en video.
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